L'atmosphère du lycée change selon le nombre de meurtres et d'enlèvements commis.
Si le joueur ne se débarrasse pas des cadavres, l'atmosphère baissera et déclenchera plusieurs conséquences. Les élèves seront de plus en plus inquiets et paranoïaques. L'apparence du lycée deviendra également plus sombre et sinistre.
Niveaux d'atmosphère
Atmosphère haute
Niveau d'atmosphère entre 100% et 70%.
Si Yandere-chan est vue en train de commettre un méfait, elle ne perdra que 10 points de réputation. Les personnages ne feront pas très attention aux armes, à la santé mentale ainsi qu'à l'uniforme de Yandere-chan. Ils ne réagiront qu'aux cris proches.
L'écran de chargement représente alors Yandere-chan en rose, en train de courir sur un fond blanc avec un couteau à la main.
Atmosphère moyenne
Niveau d'atmosphère entre 69% et 21%.
Si Yandere-chan est vue en train de commettre un méfait, elle perdra 15 points de réputation. Les personnages commencent à être plus méfiants et entendront les cris d'un peu plus loin.
Atmosphère basse
Niveau d'atmosphère inférieur à 20%.
Si Yandere-chan est vue en train de commettre un méfait, elle perdra 20 points de réputation. Les personnages deviennent alors paranoïaques et réagissent très rapidement.
L'écran de chargement représente alors Yandere-chan en rouge, en train de poignarder une rivale sur un fond noir.
Sécurité renforcée
Si une des membres du conseil étudiant est retrouvée morte, ou disparaît de quelque manière que ce soit, la présidente du conseil étudiant ordonnera la mise en place de caméras de surveillance et de détecteurs de métaux.
La mise en place de ces dispositifs bloquera l'atmosphère du lycée à son niveau le plus bas.
Une fois ces mesures de sécurité déclenchées, il deviendra impossible de les annuler, ou de faire remonter le niveau d'atmosphère. Le lycée restera dans cet état jusqu'à la fin du jeu.
Anecdotes
- Les pestes, Kyoshi Taiso, Budo Masuta, Shin Higaku, Tsuruzo Yamazaki, les délinquants, les membres du conseil étudiant et les membres du club de photographie sont les seuls à ne pas trembler en atmosphère basse.